El 02 de abril de 2013, Juan de Dios Rodríguez asumió la presidencia de la Junta Directiva de la entidad, en sustitución de Luis Alberto Reyes Mayén, luego que este último se viera involucrado en un escándalo sexual con una empleada.
Luego de una investigación de la Cicig y el Ministerio Público, el 20 de mayo 2015 fueron capturadas 17 personas, entre ellas, Juan de Dios Rodríguez; implicados en un contrato anómalo a favor de la farmacéutica Pisa.
El último caso de corrupción en esa entidad salió a la luz pública el 27 de octubre, en donde fueron capturadas 11 personas vinculados a la red denominada ¨Negociantes de Salud¨, dirigida por el exsecretario de la Presidencia de Álvaro Colom, Gustavo Alejos, y proveedores de medicinas, quienes junto a funcionarios y particulares se dedicaban a la compra irregular de medicamentos en el Seguro Social. Alejos, se encuentra prófugo de la justicia.
Historia
El Instituto Guatemalteco de Seguridad Social (IGSS) fue fundado el 30 de octubre de 1946, durante el gobierno de Juan José Arévalo Bermejo, con el fin de garantizar el derecho a la atención médica de los trabajadores del país, mediante el aporte de éstos, los patronos y el Estado.
Por medio del artículo 63 de la Constitución de la República de 1985 se estableció que el seguro social era obligatorio.
Actualmente el número de afiliados superan el 1,2 millones de personas, y entre los servicios que presta están: Protección Materno Infantil, programa de accidentes laborales, el programa de invalidez, vejez y sobreviviencia, entre otros.