Según medios locales, también fue detenido el secretario ejecutivo de la federación, Alberto Lozada.
Chávez fue citado a declarar en junio pasado, pero su comparecencia ante los fiscales se postergó porque tuvo que asistir a una reunión de la Conmebol en Paraguay y después acompañó al equipo nacional en la Copa América celebrada en Chile.
La Fiscalía boliviana decidió abrir la investigación sobre supuestos hechos de corrupción en el manejo de recursos económicos que ingresaron al país mediante la FBF, después de que estallara el escándalo de sobornos en la Fifa que investiga la Fiscalía de EE.UU.
A finales de mayo pasado, la justicia estadounidense presentó cargos contra varios dirigentes del máximo organismo del fútbol mundial acusados de corrupción y blanqueo de dinero, incluidos varios latinoamericanos.
La acusación se conoció días antes de la reelección de Joseph Blatter como presidente de la Fifa, pero poco después el suizo comunicó su decisión de poner a disposición su cargo y convocar un nuevo congreso extraordinario, aún sin fecha, para elegir a un sucesor.
Chávez preside la FBF desde 2006 y fue reelegido dos veces, en 2010 y 2014, en medio de polémicas y disputas entre dirigentes.
Su gestión ha sido duramente criticada por el presidente del país, Evo Morales, declarado aficionado al fútbol, quien ha reclamado varias veces la dimisión del dirigente.