Lewandowski fue también protagonista en la jugada del segundo y definitivo gol, en el 90+1, asistiendo a su compañero Joshua Kimmich.
El atacante polaco lleva ya 4 tantos en apenas dos jornadas de esta Bundesliga.
En la clasificación, el Bayern suma 6 puntos de 6 posibles y se coloca líder provisional, a la espera del resto de resultados del fin de semana.
El Schalke 04, por contra, acumula dos derrotas en dos partidos y todavía no puntuó. Es penúltimo y podría caer al último lugar, que ocupa ahora el Werder Bremen, que recibe el domingo al Augsburgo.
La victoria en Gelsenkirchen supone una inyección de confianza para los hombres de Carlo Ancelotti, justo antes de iniciar su camino en la Liga de Campeones 2016-2017.
Los muniqueses debutan el martes en casa contra el Rostov ruso, teóricamente el rival más asequible del grupo D, que completan Atlético de Madrid y PSV Eindhoven.
#Lewandowski: "Comentamos en el descanso que debíamos mantener la calma y esperar a nuestras ocasiones".#S04FCB pic.twitter.com/DuzcaOpbOh
— FC Bayern Español (@FCBayernES) September 9, 2016