Quintanilla fue candidato a alcalde de Chiquimulilla, Santa Rosa, en el 2011.
En los elecciones generales del 2011 y 2015, un hijo de Quintanilla fue candidato a diputado, primero por el desaparecido partido Casa y luego por el partido Todos.
Denunciado por espionaje
Quintanilla ocupó el cargo por varios meses en el Gobierno de Colom pero éste lo denunció por participar en una red de espionaje que controlaba los movimientos del presidente en el 2008.
Colom quien denunció en septiembre de ese año la existencia de aparatos de alta tecnología en la Casa Presidencial, su oficina privada de la zona 14 y su residencia.
“Existió una infiltración seria: hemos encontrado siete aparatos de grabación, dos cámaras ocultas, dos objetos similares en mi oficina privada de la zona 14 e indicios de un transmisor o receptor en la ventana de mi casa”, denunció el entonces presidente de la República.
Explicó que también encontraron varios aparatos en la oficina de su entonces esposa, Sandra Torres, lo que consideró como “un hecho verdaderamente grave”.
La existencia de esos aparatos de comunicación ocasionó que el gobernante aceptara la renuncia Quintanilla como jefe de la SAAS y de Gustavo Solano, de la Secretaría de Análisis Estratégico (SAE).
Por ese caso fue ligado a proceso Carlos Quintanilla, exjefe de la Secretaría de Asuntos Administrativos y de Seguridad (SAAS), por incumplimiento de deberes, intercepción y recepción de comunicaciones y espionaje genérico.
El 13 de octubre de 2010 el Tribunal Octavo de Sentencia no lo encontró culpable de tales hechos ilícitos y lo absolvió de todo cargo penal.