Rojas Cetina, fue presidente de la Sala de Mayor Riesgo y previo a ello fue electo como magistrado vocal 2 de la Sala Tercera del Ramo Penal.
Fue asesor del Instituto Guatemalteco de Seguridad Social de 1992 al 1997, después se desempeñó como auxiliar del Procurador de los Derechos Humanos de 1997 a 1999.
También cuenta en su trayectoria profesional como defensor de planta del Instituto Nacional de la Defensa Pública Penal de 1999 al 2005; y en ese último año ingreso al Ministerio Público en donde laboró hasta el 2009, cuando fue designado por el Congreso como Magistrado de Sala.
En octubre de 2014 fue nombrado como magistrado de la CSJ, la cual presidirá a partir del próximo 13 de octubre.
Baquiax entrega la presidencia
Baquiax llegó a la presidencia de la CSJ en noviembre de 2014 y durante su gestión le tocó conocer y dar tramite a antejuicios contra varios jueces y al mismo Presidente de la República Otto Pérez Molina.
En una entrevista concedida a Prensa Libre, Baquiax reconoció que el mayor reto fue presidir una institución con un presupuesto bajo y limitado para la inversión en la instalación de más juzgados en la provincia, donde son más necesarios.
Baquiax reconoció que los mayores retos para el próximo presidente de la CSJ, Rafael Rojas Cetina, será la creación de más juzgados para Salas de las Cortes de Apelaciones y el control de la moral judicial, que se necesita para que los operadores de justicia se comprometan con la mística del trabajo que se les exige, principalmente en la provincia.