Años después en 1995, representó a empresarios del agro encabezados por el ex ministro Anzueto Vielmann en una querella contra el presidente de la Comisión Presidencial para la Paz, COPAZ, Héctor Rosada Granados por realizar negociaciones con la guerrilla, según la parte acusadora al margen de las negociaciones oficiales.
En 1997 Palomo representó al ministro de Gobernación Danilo Parrinello, acusado de la muerte del dirigente universitario Mario Alioto López Sánchez, durante una protesta contra el alza al transporte urbano en 1994, por el uso de excesiva fuerza por parte de la extinta Policía Nacional. Parrinello fue acusado junto a otros cuatro funcionarios.
Vínculos con el eferregismo
Francisco Palomo ha defendido al general Efraín Ríos Montt en los diferentes procesos en su contra. En el 2001 lo representó en el caso llamado “Guategate” en el que se alteró la publicación de la Ley de bebidas alcohólicas un año antes, Ríos Montt ejercía la Presidencia del Congreso de la República y fue acusado juntamente con 24 diputados del FRG. Ríos Montt fue absuelto de las acusaciones por falta de pruebas de acuerdo con la resolución judicial.
Durante el gobierno del FRG fue electo como Magistrado suplente de la Corte de Constitucionalidad por el Congreso de la República. Además de diputado al Parlacen por el partido oficial de ese entonces. Como magistrado votó a favor de la inscripción de Efraín Ríos Montt como candidato presidencial en 2003, hecho sucedido después de los disturbios conocidos como jueves negro y viernes de luto. Además de la aprobación del pago a los ex patrulleros de autodefensa civil con bonos. Estas actuaciones fueron criticadas por miembros de la sociedad civil.
Palomo fue electo como diputado al Parlamento Centroamericano en 2004, por el FRG. En 2006, Palomo representó a Jorge Mario Nufio Vela, ex presidente del Instituto Guatemalteco de Seguridad Social, IGSS, acusado de los delitos de abuso de autoridad, peculado y estafa propia, en el saqueo de Q350 millones cometidos contra la institución. Nufio también era afin al eferregismo.
El mismo año se presentó como defensor nuevamente del general Ríos Montt en el caso de la Quema de la Embajada de España, promovido por Rigoberta Menchú ante la Audiencia Nacional de España, proceso que no prosperó. En 2007 representó a Ríos por la revelación de los planes militares denominados Sofía 82, Victoria 82, Firmeza 83 y Operación Ixil.
El litigante defendió en 2010 al ex ministro de Gobernación, Carlos Vielmann acusado de ejecución extrajudicial de reos de la Granja Penal Pavón en el año 2006.
Palomo salta a la palestra nuevamente defendiendo al general retirado en 2012 durante el proceso en su contra por Genocidio y delitos contra deberes de la humanidad, Ríos Montt fue llevado a juicio y sentenciado, aunque actualmente el proceso fue repetido y se encuentra impugnado por una solicitud de amnistía. Previo a la sentencia se retiró de la defensa de Ríos y representó a José Mauricio Rodríguez Sánchez.
