Al triunfar la Revolución del 20 de octubre de 1944 Ydígoras salió del país y desempeñó cargos diplomáticos en Estados Unidos y el Reino Unido.
Al darse la campaña por la presidencia en 1950, compitió con el coronel Jacobo Árbenz Guzmán quien lo derrotó al obtener más del 65 por ciento de los votos. Ydígoras quedó en segundo lugar con el 18.69 por ciento de sufragios. A pesar de la derrota, el general no se quedó con los brazos cruzados y se integró al movimiento anticomunista que derrocó a Árbenz en 1954.
Otra derrota
El coronel Carlos Castillo Armas tomó las riendas del país con la ayuda de la Agencia Central de Inteligencia (CIA) de los Estados Unidos bajo las premisas de la doctrina macarthista, es decir, perseguir a la oposición por su presunta ideología comunista.
Castillo Armas sabía de las intenciones de Ydígoras de hacerse con el poder y oportunamente lo nombró embajador de Guatemala en colombia para alejarlo de la escena política.
Sin embargo la inesperada muerte de Castillo en 1957 provocó un periodo de inestabilidad política en el país, la cual provocó que varias personas ocuparan la presidencia durante un año.
Denuncia fraude
El 20 de octubre de 1957 se realizan comicios para elegir presidente en los cuales participaron tres candidatos: Miguel Ortiz Passarelli, Miguel Asturias Quiñónez y Miguel Ydígoras Fuentes. En esa ocasión Ortiz Passarelli resulta ganador obteniendo el 51.64 por ciento de los votos.
Ydígoras fue el segundo candidato más votado, lo cual provocó que denunciara fraude en los resultados. La presión era tal que la elección fue anulada y el presidente Luis Arturo González renunció, dejando el poder a un triunvirato militar.
La victoria
La nueva junta de gobierno fue efímera ya que duró unicamente dos días y la presidencia es ocupada por el coronel Guillermo Flores Avendaño, quien convocó nuevamente a elecciones a las que Ydígoras nuevamente se presentó.
El 19 de enero de 1958 se realizan los comicios en la cual participaron cuatro candidatos: Ydígoras, José Luis Cruz Salazar, Mario Méndez Montenegro y José Enrique Ardón Fernández.
Ydígoras obtuvo el 40.8 por ciento de los votos por lo que no podía declararse ganador ya que la legislación vigente señalaba que el ganador debía de haber obtenido más del 50 por cieto de los votos.
Ante ese escenario, el Congreso debía de decicidir entre los dos candidatos más votados para elegir al nuevo presidente.
El 12 de febrero de 1958 el Congreso elige a Ydígoras como nuevo mandatario al ser votado por 40 de 65 diputados. El presidente debía de ejercer del 2 de marzo de 1958 al 1 de marzo de 1964.
Mandato conflictivo
Aunque la elección de Ydígoras buscaba encauzar la democracia en el país, la polarización entre distintos sectores y el gobierno se hizo presente durante este mandato.
Al final de su primer año de gobierno se produce un conflicto diplomático con México, ante la incursión de pesqueros mexicanos en aguas guatemaltecas. El 31 de diciembre de 1958 se produce un enfrentamiento entre la Fuerza Aérea Guatemalteca y los pescadores, lo cual provocó la ruptura de relaciones entre ambos países el 23 de enero del año siguiente.
Ydígoras mantenía el discurso anticomunista y la poca apertura a otras ideologías. Esto provocó que un alzamiento dentro de las mismas filas castrenses el cual dió paso a un conflicto que arrastraría a la desgracia al país durante 36 años.
El 13 de noviembre de 1960 trasciende la noticia del alzamiento militar en contra del gobierno ydigorista al repudiar la colaboración con Estados Unidos para entrenar a efectivos estadounidenses que posteriormente invadirían Cuba.
La falta de compromiso entre algunos oficiales llevó al fracaso al alzamiento. Sin embargo varios de los alzados fundarían posteriormente el movimiento insurgente denominado MR-13 el cual tomaría armas para derrocar al gobierno. Este fue el margen de la guerrilla y otros movmientos que lucharon por el poder durante más de tres décadas, sin conseguirlo. El fin de este conflicto que dejó miles de víctimas civiles finalizaría hasta 1996.
El inicio de la insurgencia no sería el único problema para Ydígoras. Su falta de apertura y denuncias de corrupción desembocaron en muestras de repudio en diferentes sectores, en especial de los sindicatos y asociaciones estudiantiles.
El 21 de juio de 1960, el gobierno decide congelar el escalafón magisterial ya que alegaba no tener fondos para cubrirlo. Esto provocó la ira del sector magisterial el cual respondió con protestas masivas.
En diciembre de 1961 se realizaron elecciones legislativas las cuales fueron calificadas de fraudulentas por la oposición ya que el partido oficial (Redención) obtuvo la mayoría de escaños.
El Tribunal Electoral no atendió las denuncias de fraude y validó las elecciones. Esto provocó nuevamente la indignaciónd e los ciudadanos.
El 28 de febrero de 1962 un movimiento estudiantil tomó las calles y protestó pacíficamente en repudio por las últimas medidas del gobierno. Las protestas fueron aumentando en participantes y diferentes cabeceras departamentales se sumaban. La intolerancia de Ydígoras a atender las demandas lo llevó a decretar Estado de Sitio en marzo de ese mismo año.
A pesar de la amenaza las jornadas de protesta tuvieron su punto álgido entre marzo y abril de 1962, varios sectores se unieron al clamor de los estudiantes y exigían la renuncia de Ydígoras. El gobierno también intensificó la represión y la violencia en contra de los manifestantes, que dejó como resultado, decenas de muertos.
La situación se salía de control y en un arranque sorpresivo, Ydígoras anunció que permitiría el retorno del ex presidente Juan José Arévalo al país para que participara en las elecciones de 1963. De esta forma se abriría una mayor tolerancia política. La noticia no fue vista con buenos ojos por los sectores más recalcitrantes y la cúpula del Ejército, esto se manifestó el 30 de marzo de 1963 cuando Ydígoras fue derrocado del poder por su ministro de la defensa, Enrique Peralta Azurdia.
Ydígoras Fuentes murió en Ciudad de Guatemala, el 6 de octubre de 1982.
El ejército mantenía el poder, situación que se repitiría en los años siguientes.
